I. zóna

Zaujímá necelých 10 % rozlohy Slavkovského lesa. Pokrývá převážně nejcennější centrální část, kde jsou soustředěny nejvýznamnější přírodní hodnoty a maloplošná zvláště chráněná území vyhlášená k jejich ochraně. Jde zejména o rozlehlé komplexy vrchovišť, rašelinných smrčin a blatkových borů v národní přírodní rezervaci Kladské rašeliny, nejvýznamnější hadcový výchoz s unikátní květenou v národní přírodní památce Křížky, typická hadcová společenstva v národní přírodní rezervaci Pluhův bor nebo v přírodních rezervacích Vlček a Mokřady pod Vlčkem s vzácnými mokřadními společenstvy a mofetami. Významnou součástí I. zóny jsou cenné suťové porosty a skalní biotopy v přírodní rezervaci Údolí Teplé a zachovalé květnaté bučiny v přírodní rezervaci Holina. Izolovaným segmentem I. zóny je pak geomorfologicky významné území v okolí národní přírodní památky Svatošské skály při severní hranici chráněné krajinné oblasti. 

II. zóna

Je vymezena na necelých 30 % území. Je tvořena převážně lesními porosty s vysokou ekologickou stabilitou navazující na nejcennější partie I. zóny. Jedná se o rozsáhlé lesní komplexy v centrální části chráněné krajinné oblasti, porosty na západních svazích území, dolní části údolí Teplé, Podhorního vrchu a navazujícího údolí Jilmového potoka v jižním cípu. Do II. zóny jsou dále zařazeny oblasti s výskytem geomorfologických jevů a vysokou druhovou rozmanitostí v severovýchodní části území a okolí Svatošských skal. 

III. zóna

Více než 46 % rozlohy Slavkovského lesa zaujímá III. zóna. Je charakteristická mozaikou do různé míry pozměněných lesních porostů s převážně nižším stupněm ekologické stability v kombinaci s charakteristickou zemědělskou kulturní krajinou a řadou menších až středně velkých sídel. Ve volné krajině III. zóny je prioritou zachovat její harmonické měřítko. 

IV. zóna

Zbývajících, necelých 15 % rozlohy je zařazeno do IV. zóny.  Jde o intenzivněji využívané, nejméně hodnotné části území, jako jsou oblasti větších obcí a měst s nízkou hodnotou zástavby a jejich blízké okolí - oblast Horního Slavkova, Rovné nebo Krásného Údolí. Dále jsou do IV. zóny zařazeny lokality se soustředěnou průmyslovou výrobou a pozemky s ornou půdou nebo narušeným vodním režimem.