Na území CHKO Slavkovský les je aktuálně vyhlášeno celkem 35 maloplošných zvláště chráněných území, která zaujímají necelá 2 % rozlohy. 2 jsou chráněna v kategorii národní přírodní rezervace, 3 v kategorii národní přírodní památka a dále je zde vyhlášeno celkem 12 přírodních rezervací a 18 přírodních památek. Největším a zároveň jedním z nejcennějších území je národní přírodní rezervace Kladské rašeliny rozkládající se na ploše přes 300 ha, což odpovídá zhruba třetině plochy všech těchto území. Řada maloplošných zvláště chráněných území má naopak velmi malou rozlohu. Jsou to zejména přírodní památky chránící vývěry minerálních pramenů nebo místní geologické fenomény.

Národní přírodní rezervace (NPR)
Kladské rašeliny, Pluhův bor

Národní přírodní památky (NPP)
Křížky, Svatošské skály, Upolínová louka pod Křížky

Přírodní rezervace (PR)
Hloubek, Holina, Lazurový vrch, Mokřady pod Vlčkem, Planý vrch, Podhorní vrch, Prameniště Teplé, Rašeliniště u myslivny, Smraďoch, Údolí Teplé, Vlček, Žižkův vrch

Přírodní památky (PP)
Čedičové varhany u Hlinek, Čertkus, Čiperka, Dominova skalka, Homolka, Hořečková louka na Pile, Koňský pramen, Kounické louky, Kynžvartský kámen, Milhostovské mofety, Moučné pytle, Na Vážkách, Pístovská louka, Podhorní slatě, Sirňák, Šemnická skála, Těšovské pastviny, Velikonoční rybník

V působnosti Regionálního pracoviště Správa CHKO Slavkovský les jsou i další maloplošná zvláště chráněná území, která leží mimo území chráněné krajinné oblasti:
NPR Božídarské rašeliniště, NPP Bublák a niva Plesné, NPP Bystřina - Lužní potok, NPP Ciboušov, PP Čedičová žíla Boč, NPP Doupňák, NPP Komorní hůrka, NPR Nebesa, NPR Novodomské rašeliniště, NPP Pískovna Erika, NPP Rašovické skály, NPR Rolavská vrchoviště, NPP Skalky skřítků, NPR Soos, NPR Úhošť a NPP Železná hůrka.